一般養殖蝦池通常需要施肥“養水”，即培育基礎餌料和保持良好的水色。在養殖過程中，餌料的投放、殘餌的分解、對蝦排泄物的產生和分解等，都會使養殖水富含各種營養物質以及有機與無機碎屑。當蝦池排放的污水物質總量超出該區域環境容量的時候，也可能造成該區域的水質污染和富營養化。
消毒劑、抗菌素對生態的影響 蝦池消毒和病害防治，是對蝦養殖過程中必不可少的重要環節。對蝦病害防治藥物通常以抗菌素為主，富含消毒劑和抗菌素的蝦池水大量排放后，對近岸水域微生物生態系統產生了直接的影響。各類污染物質進入近岸水域生態環境后，其最終的降解和凈化都與微生物的活動有關。當正常的微生物生態系統受到干擾或破壞之后，污染物質的分解速率易受到影響，自凈能力明顯降低，這樣將會導致水質的進一步惡化。
蝦池廢水排放造成自身污染 蝦池養殖水大量排放污染到近岸水域的同時，也造成了自身污染，危及對蝦養殖業的本身。蝦池排放水造成近岸水域污染后，海水中的氨氮和硫化物等有害物質含量升高。當這種受污染的海水再抽（放）進蝦池后，輕者影響對蝦生長，重則很可能發生病害。特別是污染導致赤潮發生時，易造成生物大量死亡，其尸體在分解過程中導致水質嚴重惡化，會使赤潮發生區域的養殖對象造成大量死亡。其自身污染不僅影響近岸生態環境，而且危害到對蝦養殖業的本身。
增強海洋環境保護意識，克服重陸輕海造成海域污染的思想，是治理海洋環境污染的關鍵所在；控制陸源污染是治理海洋污染的重要環節。認識不到位、陸污不根治，海洋環境污染就不可避免。在不少漁農的心目中，大海仍然是一個天然的大垃圾場，工業、生活及池塘養殖廢水可以任意排放。應當通過多種形式的宣傳教育，使環境保護這一基本國策更加深入人心，使廣大漁農能夠深刻地認識到，近海海域環境與他們的生存、事業和發展密切相關，在此筆者談點個人看法。
隨著對蝦種苗培育和養殖生產趨向工廠化、集約化，苗種生產和養殖生產單位對各種藥品的依賴性日益提高。在藥品生產、使用過程中，藥品生產商為擴大銷售，頻頻更換產品名稱。育苗、養殖生產單位為保險起見，隨意加大用藥量。在水質改良劑、生物制劑生產中，缺乏嚴格的產品檢測標準，產品無保質期、無主要成分證明等現象屢屢可見。因此，必須加強管理，科學用藥，嚴格控制用藥水的排放。如少數發生病害的蝦池，在積極治療期間，應當封閉池水，禁止排放水。對于病害暴發，造成對蝦傾池死亡的，蝦池水需經嚴格消毒、殺菌，并待消毒劑、殺菌劑充分氧化、失效后才能排水。為了最大限度地減少消毒劑、治病劑等藥物對近岸水域生態的影響，科研、衛生防疫或環保部門應積極開發或推薦若干針對性強、存留期短的安全藥物供選擇使用。
當前海水養殖業中污染養殖水域的主要是對蝦養殖業、港灣地區的魚類養殖業和局部地區的貝類筏式養殖。為了降低養殖廢水產生的污染，全面規范、合理布局是一個首要問題。如養殖蝦池的數量要根據當地近岸海域的環境容量、灘涂與海上網箱養殖現狀和發展趨勢等進行科學地規劃，使排放的蝦池養殖水和其他污水的污染物總量，不超過近岸水域的自凈能力。對已建成的大面積集約化對蝦養殖區域，或者將部分蝦池改造，養殖其他用水量小的種類，或者建立污水處理廠等，蝦池排出的污水經過集中處理后才可排放。海水養殖應當科學制定養殖密度，并應當合理投餌、施肥，正確使用藥物，防止造成海洋環境的污染。
優化養殖環境保護和改善蝦池及周圍鄰近水域的生態環境非常關鍵。生產實踐證明，不但要保護好蝦池內部的生態環境和全面掌握蝦池各期用水量、投喂餌料數量及殘余量、有機物質含量、有毒有害物的含量，而且蝦池外部水環境的保護同樣是不容忽視。隨著灘涂養殖業的發展，布局不合理，在同一區域內養殖池密集的現象很普遍。特別在海水循環能力差、灘涂水質交換緩慢海區，矛盾非常突出。
提高水產飼料效力，減少水環境污染。我國近岸海域的海水污染日益嚴重，其成因除了河流和城市生活污水入海，近年來海水養殖業的發展也不容忽視。以養殖為例，據了解，即使是管理最好的蝦池也有３０％的餌料未被攝食，氮、磷營養物是對蝦池及附近淺海的主要污染物。因此，如何提高水產飼料效力、減輕環境污染是水產養殖及水產飼料生產方面面臨的一大任務。我們必須加大對水產動物營養參數、水產動物免疫力、抗病力與營養素關系的研究力度，開發出優質飼料、添加劑、誘食劑，開發低污染的新型環保飼料和與之相匹配的養殖工藝等，大力提高水產飼效力，努力減輕環境污染壓力。
改變養殖方式，探討生態養殖新途徑。養殖模式的改變，不僅使養殖區的養殖負荷得以減輕，而且利用不同養殖生物在攝食習性、活動能力等方面的差異，可有效地促進蝦池內有機物的循環，達到改變養殖環境，減少病害發生，增加養殖者收益的目的。對蝦養殖方式的改進，還可以減少用水量，減輕污染。如少放苗、少投餌、少換水的生態養殖方式。還有蝦魚貝藻混養方式，即通過混套養一些刮食性魚類和濾食性貝類，吸收蝦池里的氨氮等有害物質，通過投放光合細菌，改善或凈化蝦池水質，減少換水量。同時通過優化養殖工藝以及合理的規劃與科學的管理，使得新技術、新設備、新工藝為養殖對象提供優良的生存環境，從而使其獲得更快、更好的生長速度和優良品質。推廣和開展高效、環保的養殖運作方式，必將在最大程度上提高海水養殖業的經濟效益和生態效益。
